YEKDER geçmişten bugüne gerek ulusal gerek uluslararası kapsamda konferans, panel, çalıştay, sempozyum ve kongreler organize etmiştir. Sosyal bilimler alanında seçkin isimlerin katıldığı organizasyonlarda, dini ilimlere dair farklı temalar ele alınmaktadır. Bunun yanı sıra başta akademisyenler, ilahiyatçılar ve eğitimciler olmak üzere, alandan uzmanların yer aldığı çok sayıda ilmi müzakere ve toplantılar da düzenlemektedir.